No era cap secret, per als veïns de Castelló d'Empúries, que al subsol de l'església del convent de Sant Agustí hi ha unes galeries. De fet, van sobreviure a moltes guerres i conflictes i van tenir múltiples usos al llarg dels segles. Durant la Guerra Civil, quan els avions escopien bombes, es van fer servir com a refugi, i anys després s'hi cultivaven xampinyons. El que es desconeixia és qui i per què les va construir. Una recerca de l'Institut d'Estudis Empordanesos ha permès establir-ne la cronologia: les anàlisis radiocarbòniques situen la construcció entre els anys 198 i 42 aC, és a dir, l'època romana republicana, un període no documentat fins ara a Castelló d'Empúries.

Les excavacions de la basílica de Castelló d’Empúries han posat al descobert l’estructura original d'un retaule del segle XV. Segons les investigacions, el retaule tindria una base poligonal amb dos graons construïts amb lloses de marbre. Tot indica que es va desmuntar parcialment durant el segle XVIII i és per això que s’ha mantingut oculta sota la base actual durant més de 300 anys.